എന്നാൽ ജേക്കബ് തോമസിനെ അറസ്റ്റ് ചെയ്യാൻ പാടില്ല. അഴിമതിയിൽ മറ്റ് ഉദ്യോഗസ്ഥരുടെ പങ്കും അന്വേഷിക്കണമെന്ന് സുപ്രീം കോടതി നിർദ്ദേശിച്ചു. അന്വേഷണം പൂർത്തിയാക്കാനാണ് അനുമതിയെന്നും എഫ്ഐആർ റദ്ദാക്കിയ ഹൈക്കോടതി നടപടി തെറ്റാണെന്നും സുപ്രീം കോടതി നിരീക്ഷിച്ചു. അന്വേഷണം ജേക്കബ് തോമസിനെതിരായ വേട്ടയാടലാകുമെന്ന് ജേക്കബിന്റെ അഭിഭാഷകൻ വാദിച്ചു. നെതർലാൻഡസ് കമ്പനിയിൽനിന്ന് ഡ്രഡ്ജർ വാങ്ങി സർക്കാരിന് 20 കോടി നഷ്ടം വരുത്തിയെന്നായിരുന്നു ജേക്കബ് തോമസിനെതിരായ അരോപണം. സംസ്ഥാനത്തിനായി മുതിർന്ന അഭിഭാഷകൻ ഹരിൻ വി റാവൽ, സ്റ്റാൻഡിംഗ് കൗൺസൽ ഹർഷദ് വി ഹമീദ് എന്നിവർ ഹാജരായി.ജേക്കബ് തോമസിനായി അഭിഭാഷകൻ എ.കാർത്തിക്, കേസിലെ മറ്റൊരു ഹർജിക്കാരനായി അഭിഭാഷകൻ കാളിശ്വരം രാജ് എന്നിവർ ഹാജരായി